Этот метод требует много терпения и кропотливости, однако именно таким образом получаются особенно красивые экземпляры. Практически любой бонсай можно вырастить из семян. Специальных семян для выращивания бонсай не существует. Используются те же семена, что и для выращивания обычных деревьев. Семена можно купить или собрать прямо с растений. Сбор проводят осенью; во всех плодах - желудях, ягодах, семянках и орехах - содержатся семена, из которых, если их посадить, через 5-7 лет можно получить красивые миниатюрные деревца желаемой формы. Условия прорастания семян у разных растений различны и зависят от сроков посева. Некоторые семена необходимо высевать сразу, поскольку они прорастают непосредственно после сбора. Другие же перед посевом должны какое-то время храниться в сухом и прохладном месте. Третьи могут прорастать осенью или зимой, но сначала, чтобы сохранить способность к прорастанию, должны быть помещены на несколько дней во влажный песок. Многие из семян нуждаются в периоде покоя. Их стратифицируют (то есть помещают в слой влажного песка) в течение 6-12 месяцев, защищая от холода и жары. Некоторые семена могут храниться в холодильнике, в емкости для овощей. Продолжительность такого хранения составляет от 1 дня до 1 месяца; после чего семена необходимо замочить на 24 часа в тепловатой воде. Существует два наиболее благоприятных для посева периода: весной либо в конце лета до середины осени.

Семя с твердой оболочкой можно надрезать, чтобы таким образом облегчить его прорастание. Семена разных видов растений вместе не сеют, так как их потребности в воде, тепле, свете могут не совпадать.

Для посева семян используют невысокие ящики с отверстиями на дне для стока излишков воды.

	Для просеивания земельной смеси необходимо сито.
	Стандартный глиняный горшочек заполняют просеянной почвенной смесью.
	Стратифицированные семена выкладывают на поверхность земельной смеси.
	Толщина слоя почвы, которой присыпают семена, зависит от их размеров.
	Если семена достаточно крупные, то прикрывающий их слой почвы слегка уплотняют. Для этого используют обычный садовый совок.
	Скорлупу, защищающую семена (на рис. семена гинкго), раскалывают щипцами.
	Из скорлупы осторожно извлекают семя.
	Освобожденные от скорлупы семена можно сеять. Прорастанию таких семян больше ничто не мешает, поэтому стратификация будет излишней.
	Поверхность почвы в горшке прикрывают бумажным кругом.
	Такой бумажный круг препятствует размыванию почвы при поливе.

Ящик заполняют смесью, состоящей из 1/2 торфа и 1/2 речного песка. Любую посевную емкость заполняют почвенной смесью лишь на 3/4, не очень уплотняя ее для обеспечения лучшей циркуляции воздуха и воды. Затем на поверхности просеянного субстрата раскладывают семена, присыпают их сверху слоем почвы, слегка уплотняют и обильно поливают из лейки с мелким ситечком. После этого ящик накрывают стеклом и размещают в полупритененном и защищенном от заморозков месте. С появлением первых проростков (раньше или позже у разных видов) стекло приподнимают для лучшей циркуляции воздуха. При появлении первых листьев стекло убирают совсем. Весной, после того, как стебли окрепнут, сеянцы пересаживают по одному в маленькие горшки и постепенно приучают к солнцу. Через 2 года из молодого деревца можно начинать формировать бонсай, обрезая у него ветви (весной и летом) и корни (весной). Спустя 3-5 лет дерево, выращенное из семени, будет иметь изящный силуэт и примет вид бонсай желаемого стиля без грубых шрамов и утолщений на стволе с гармонично расположенными ветвями.